染色質免疫共沉淀Chromatin Immunoprecipitation, ChIP 技術是在活細胞狀態下固定蛋白質－DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA的片段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。
該技術通過蛋白質與DNA互作來分析目標基因活性以及已知蛋白質的靶基因，被廣泛應用于體內轉錄調控因子與靶基 因啟動子上特異核苷酸序列結合方面的研究。CHIP不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動態作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關系。
ChIP-seq 的原理：將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq技術，能夠高效地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。其原理是：首先通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA的片段，并對其進行純化與文庫構建；然后對富集得到的DNA的片段段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段信息。
ATAC-seq:（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是用于研究染色質可及性（通常也理解為染色質的開放性）的方法， 原理是通過轉座酶Tn5容易結合在開放染色質的特性，然后對Tn5酶捕獲到的DNA序列進行測序。
開放染色質的研究方法有ATAC-seq以及傳統的DNase-Seq及FAIRE-seq等，ATAC-Seq由于所需細胞量少，實驗簡單，可以在全基因組范圍內檢測染色質的開放狀態，目前已經成為研究染色質開放性的重要技術方法。
ChIP-seq 和ATAC-seq 的異同：
ATAC-Seq與ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因組范圍內檢測染色質的開放程度，可以得到全基因組范圍內的蛋白質可能結合的位點信息，一般用于不知道特定的轉錄因子，用此方法與其他方法結合篩查感興趣的特定調控因子；但是ChIP-Seq是明確知道感興趣的轉錄因子是什么，根據感興趣的轉錄因子設計抗體去做ChIP實驗拉DNA，驗證感興趣的轉錄因子是否與DNA存在相互作用。ATAC-Seq、ChIP-Seq、Dnase-Seq、MNase-Seq、FAIRE-Seq整體的分析思路一致，找到富集區域，對富集區域進行功能分析。
DAP-seq(DNA affinity purification sequencing) 是一種高通量篩選TF結合位點的方法，用體外表達的TFs來結合基因組DNA。 DAP-seq將蛋白質體外表達技術與高通量測序技術相結合，不需要針對每個轉錄因子制備特異性抗體，所以DAP-seq具有快速、高通量、節約時間成本等顯著優勢。
DAP-seq是研究非模式植物順反組和表觀組的有力技術，大大擴展和加深了科學家們研究的轉錄因子結合位點信息。它能夠捕獲全部轉錄結合位點，因此能獲得完整的密碼本。
DAP-seq 與 CHIP-seq 的異同：CHIP-seq如上所述，是一種常見的用來發現轉錄因子結合位點的方法，但是，它有很強的局限性，例如：它很強地依賴于抗體的質量， 并且對發現低表達的蛋白有挑戰。雖然ATAC-seq 可以更簡單地來注釋跨越許多生物體和細胞類型的全基因組調控元素。但是：如果沒有對TF序列特異性的全面了解，所識別區域的靶向TFS就無法被輕易地驗證。DAP-seq 可以用來揭示基因組范圍內所有調控元件的特征。
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